Gardsnamnet er vin-namn. og høyrer såleis til dei aller eldste gardar. Den gamle forma er truleg Flygin (Flygvin) skrivi Flyghyne og Flygyne i 1453. Kva fyrste lekken i namnet er er meire uvisst. Rygh gissar på at det kan vera flug: stupbratt fjellside, flog.

Vin betyr naturlig eng, beite. På gotisk betyr det havnegang eller beitemark. Flyen er ett av ca. 1000 stedsnavn som ender på -vin her i landet. I Valdres kan bosettning ved vin-garder følges tilbake til 200- og 300-tallet, og en bør kunne anslå at Flyen stammer fra denne tiden eller noe senere.